Xcode

現時点での最新Xcodeは4.3であり、App Storeからインストールすると、この最新バージョンがインストールされてしまいます。

Xcode 4.3では、今までのXcodeのパスが変更になっていたり、コマンドラインツールがオプションになってたりしてます。
また、一部のソフト（Intel Forttan/C）がXcode 4.3非対応で、インストール出来なく、やむなくダウングレードした。