このサイトでは、Sientific Linux 6.xの64bitで運用しており、ハードディスク容量を見てみたところ、99%使用で、危うく100%超しそうでした。
WindowsやMacでは、GUIでグラフィカルなHDD容量チェックルーツがたくさんあります。もちろんLinuxでもないわけではありませんが、コマンドラインの方が簡単で慣れてるので、コマンドラインでチェックです。
全体の容量を見るには、df -Hでパーティション毎に、容量情報を見ることが出来ます。
調べてみたところ、ルート（／）領域が99%で、その中でも/usr以下がほぼ占めてた。
それで、/usr/以下を下記コマンドで調べてみた。
# du -s /usr/* | sort -n 1.5M ./bin 4.0K ./etc 4.0K ./games 4.0K ./lib64 4.0K ./libexec 4.0K ./sbin 4.0K ./src 36G ./vpnserver 87M ./lib 382M ./rbenv 436K ./share 688K ./include
vpnserver下が圧倒的に容量を喰っていたので、さらに調べていったら、ログが溜まっていたのが原因でした。
あっさりとログを削除したころ、HDD空き容量が99%から20%にも減りましたとさ。